手续费的扣除主体因费用类型而异。
在大宗交易中，佣金由券商收取，是投资者支付给券商的服务费用。印花税由券商代扣后，由交易所统一代缴给财税部门。过户费由登记结算公司收取，通常由券商代收。交易所经手费由交易所收取，部分券商可能代收。
在港股通交易中，佣金由开户的证券公司收取。印花税是香港政府收取的税费，由相关机构代扣。交易征费由香港证券及期货事务监察委员会收取。交易费由香港交易所收取。股份交收费由香港中央结算有限公司收取。香港财务汇报局交易征费按规定收取，具体收取机构通常也有相应的流程安排。

手续费的扣除并非由券商或交易所一方单独完成，而是双方都参与其中。在交易中，手续费包括多个部分。

一方面，券商主要收取的是佣金，这是投资者买卖证券时，券商为其提供交易服务而收取的费用。佣金的扣除由券商操作，会根据投资者和券商约定的佣金率，在每笔交易完成时直接从投资者的证券账户中扣除。

另一方面，交易所也会收取一些费用，比如过户费等。这些费用是交易所为维护证券交易市场的正常运转，提供交易平台和相关服务所收取的。交易所会在交易结算时，从券商的资金账户中扣除相应费用，而券商再将这部分成本分摊到投资者身上。

所以，手续费扣除的流程是，券商扣除佣金部分，而交易所收取的费用则是先从券商处扣除，最终还是由投资者承担。投资者在交易时，看到的总的手续费就是这两部分费用的总和 。

手续费的扣除通常由券商在交易过程中代为收取，然后按照规定比例上交给交易所。如有疑问，欢迎添加我的微信进行详细咨询。我司的股票佣金政策让您的投资回报更加可观！！开户现在手机就可以直接办理，开户准备身份证及银行卡，现在低佣金是没有什么要求！！我都是可以给到你成本价的佣金！！利率专项4%！

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