在中国进行股票交易时，手续费主要包括三个部分：佣金、印花税和过户费。这些费用都是按照您的交易金额来计算的，而不是按照交易的股数来计算。以下是各项费用的具体计算方法

1. 佣金：这是证券公司为您提供服务收取的费用。通常情况下，佣金费率是根据您与证券公司的协议来确定的，费率一般不会超过成交金额的0.3‰（千分之三），而且每笔交易的佣金通常有一个最低收费标准，比如5元。如果您的交易金额很小，佣金费用也至少会收取5元

2. 印花税：这是国家税务总局收取的税费，按照成交金额的0.5‰（千分之0.5）来计算，只在卖出股票时收取，买入股票不收取

3. 过户费：这是指将股票从卖方账户过户到买方账户时收取的费用。自2015年8月起，沪深两市都开始收取过户费，费率是按照成交金额的0.01‰（万分之零点一）

以您提到的5000元的交易为例，假设您与证券公司的佣金费率约定为0.3‰（万分之三），那么计算如下：
佣金：5000元 × 0.3‰ = 1.5元（由于不足最低收费标准，将按照最低收费5元计算）
印花税：由于是买入，所以不收取
过户费：5000元 × 0.01‰ = 0.05元
所以，总的手续费用为佣金5元 + 过户费0.05元 = 5.05元

这只是一个简化的计算示例，实际的费用可能会因证券公司的不同而有所差异。在进行交易前，建议您咨询您的证券公司，了解具体的费率和收费标准