在具体制度安排上，“沪港通”与QFII、QDII又存在以下主要区别：

1、业务载体不同。“沪港通”是以两地交易所为载体，互相建立起市场连接，并对订单进行路由，从而实现投资者跨市场投资。QFII等是以资产管理公司为载体，通过向投资者发行金融产品吸收资金以进行投资。

2、投资方向不同。“沪港通”包含两个投资方向，分别是香港和内地投资者投资上交所市场、联交所市场的“沪股通”及“港股通”（即“沪港通下的港股通”）。QFII等则都是单向的投资方式。

3、交易货币不同。“沪港通”投资者以人民币作为交易货币，投资者须以人民币进行投资，但有关监管机构对“沪港通”交收货币另有规定的，从其规定。QFII的投资者以美元等外币进行投资。

4、跨境资金管理方式不同。“沪港通”对资金实施闭合路径管理，卖出股票获得的资金必须沿原路径返回，不能留存在当地市场。QFII等买卖证券的资金可以留存在当地市场。

这样看，“沪港通”与QFII、QDII存在一定差异，且不会对后者等现行制度的正常运行造成影响，反而可以更好地实现优势互补，为投资者跨境投资提供更加灵活的选择，在促进我国资本市场双向开放方面发挥积极的作用。