我们知道 Cas9 基因编辑主要是通过在目标基因编辑位置形成 DSB，经过细胞 NHEJ 修复后形成 Indel （small insertions and deletions）而产生的 frame shift 来 KO基因表达。

但是最近研究（Large-Fragment Deletions Induced by Cas9 Cleavage while Not in the BEs System）发现，Cas9 基因编辑不止是产生 Indel，还会在目标编辑位置附近造成更大片段（from 11 to 4.5kb）的删除，而且发生的概率还挺高。如下图所示，左边的是 Cas9 的情况，长条表示发生了大片段（>100bp）的基因删除，黄点表示发生了<100bp 的基因删除。

这种大片段的基因删除虽然有利于KO基因，但也有可能会产生无法完全预测和控制的后果。虽然一般来说基因间的间隔远不止4.5kb，这种删除不一定就会对附近的基因造成什么影响，但是这种大片段删除会不会也预示着后果更严重的 translocation 发生的频率其实也不低呢？与之对应的是，经过单碱基编辑器编辑的目标位置附近居然完全没有检测到类似的大片段的基因删除，凸显了单碱基编辑器不用依赖 DSB 进行基因编辑安全上的优势。