交易时间上，港股通完全跟随香港联交所的时段，开市前时段9:00–9:30、上午连续交易9:30–12:00、午休12:00–13:00、下午13:00–16:00、收市竞价16:00–16:10，但港股通只在内地和香港两地同为交易日且能满足T+2交收时才开放。也就是说，香港独有的佛诞、圣诞、台风黑色暴雨等休市日，港股通关闭；内地春节国庆等长假期，港股若正常开市，港股通也关闭。直接买港股则只看香港交易所日历，不存在"两地同时开市"的额外限制，香港半日市（圣诞前夕等）也能正常交易半天。
汇率方面，港股通是港币报价、人民币结算，买入时按"卖出参考汇率"（中间价+约3%）预冻结人民币，卖出时按"买入参考汇率"（中间价-约3%）预估回款，当日日终中国结算按全市场净额换汇得出实际结算汇率，多退少补，正常市场下结算汇率优于参考汇率，但投资者无法自主选择换汇时点，全程被动接受。直接买港股则是港币报价、港币结算，资金进出需自己通过银行购汇和跨境汇款，占用每人每年5万美元便利化额度，换汇点差由银行报价决定，通常0.3%–0.8%，比港股通的隐含换汇成本略高，但你可以挑汇率好的时候操作，且资金留在香港账户后后续交易不再产生换汇损耗。
额度上，港股通设有每日南向额度上限（沪港通下港股通和深港通下港股通各420亿元人民币），若额度用尽当日无法新增买入（卖出不受影响），不过历史极少触顶；总额度已于2016年取消。直接买港股没有任何额度限制，只要账户有钱、券商允许，想买多少买多少，不受监管额度约束。
分红税是最影响实际到手收益的差异。通过港股通持有港股，分红到账要被代扣20%的个人所得税（H股直接扣20%，红筹股可能叠加10%预提税，实际到手约72%），且这笔税无法退税，哪怕你是长期持有拿分红也铁定被扣。直接买港股的话，香港本地不征股息税，H股分红理论上被上市公司代扣10%预提税（内地个人通过香港账户持有H股），实际到手90%；红筹股通常也是10%预提税，到手90%。但实操中，很多香港券商对H股分红不代扣（或客户可申请退税），实际到手可能接近100%。另外港股通分红资金T+2交收后可用，直接账户通常也是T+2或T+3到账，时间差异不大，但港股通分红金额会按到账日汇率折算为人民币，汇率波动也会影响实际到手人民币金额