买卖港股通的股票手续费主要需支付交易税费、结算及交收服务费用、存管和公司行为服务费用等税费以及证券公司收取的手续费即佣金：

交易税费是交联交所或由联交所代收，包含：印花税：双边，按成交金额的0.1%计收（取整到元，不足1元港币按1元计）；交易征费：双边，按成交金额的0.0027%计收，四舍五入至小数点后两位；交易费：双边0.005%（四舍五入至小数点后两位）；交易系统使用费：双边，每笔交易0.5元港币。

结算收费交香港结算，包含：结算及交收服务：股份交收费，双边，按成交金额的0.002%计收，每边最低及最高收费分别为2元港币及100元港币（四舍五入至小数点后两位）；存管及公司行为服务：证券组合费，根据持有港股的市值设定不同的费率。

证券组合费是指香港结算根据中国结算名义持有账户每自然日日终港股持有市值，按逐级递减的费率标准，所计收的存管和公司行为服务费用。

港股通股票以“手”为买卖单位，少于一手的“碎股”如何交易少于一手，即少于一个完整买卖单位的证券，香港市场称之为“碎股”(内地称“零股”)。联交所的交易系统不会为碎股进行自动对盘交易，但在系统内设有“碎股/特别买卖单位市场”供投资者进行碎股交易。联交所参与者可在交易系统的指定版页挂出碎股买卖盘，供参与者自行挂盘配对。参与港股通业务的内地投资者对于碎股，只能卖出，不能买入。为提高市场透明度，联交所会同时发布碎股/特别买卖单位市场的实时资料给资讯供应商。