整体而言，在支付宝购买基金手续费通常更低。以下是两个平台在各项费用上的对比：
- 申购费：主流基金方面，支付宝普遍有1折优惠，申购费率为0.15% ，以10万元投资为例，只需150元手续费；微信理财通部分基金申购费率仍维持0.6% ，如买10万元基金，这些基金需600元手续费，是支付宝的4倍。虽然微信部分促销基金也能将申购费降至0.15%，但覆盖范围较窄。不过，微信理财通的基金申购在申购金额十万以下时，对小额投资者免费。
- 赎回费：持有不足7天，二者都收取1.5%的惩罚性费率。但长期持有债券基金等产品，支付宝的赎回费率更优惠，如持有30天至365天，支付宝赎回费率仅0.1%，微信部分债券基金赎回费率则达0.5%。货币基金方面，两者均免申赎费。
- 其他费用：如果在微信用零钱买基金，提现超过1000元的部分需额外支付0.1%手续费，支付宝则没有这项额外费用。同时，支付宝基金详情页会明确展示管理费、托管费等年化费率，微信则需用户主动查询，透明度稍弱。并且，支付宝长期提供积分抵扣手续费功能，1积分可抵1元，部分基金还能叠加“费率0元购”活动；微信虽偶尔推出手续费减免，但多集中在特定基金或短期活动。

需要注意的是，理财通和支付宝平台上的产品众多且质量参差不齐，筛选难度较大，而且仅在单一平台配置，难以实现充分的资产分散。

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