港股通投资者通过向自己的A股证券账户指定交易的内地券商，经由上交所证券服务公司(上交所为港股通业务设立的SPV公司)，下单到香港联交所进行交易，每日买入和卖出轧差后的净额度为105亿人民币。

　　港股通投资者买卖香港证券市场的股票，虽然是以港币报价，但内地投资者只需要以人民币支付，系统会按照当日的结算汇率直接将人民币换成港币下单交易。港股通投资者卖出持仓的港股，系统也会按照当日的结算汇率直接将港币扣去各项费用后换成人民币，原路返回到投资者A股证券账户。

　　中国结算(中登公司)获承认为香港结算的结算机构参与者，汇总港股通所有参与券商的交易数据到中国结算，统一和香港结算、港交所进行数据清算，为港股通提供结算服务，

　　港股通投资者的沪市A股指定交易的证券账户，同时也是该投资者的港股通存管账户。

　　这次沪港通方案最大的亮点就是这套结算和存管方式，相比过去国内投资者投资港股必须偷偷摸摸的把资金慢慢的往海外挪，资金量稍微大点的个人投资者，还要受限于每人每年5万美金的换汇限制。资金回国内更麻烦，金额稍大点还要面临外管局的质询。这次港股通的结算方式无疑解决了高净值投资者很大的困扰。