市盈率是一个非常粗略的指标，考虑到可比性，对同一指数不同阶段的市盈率进行比较较有意义，而对不同市场的市盈率进行横向比较时应特别小心。

★(1)综合指数的市盈率与综合指数的市盈率比，成份指数的市盈率与成份指数的市盈率比。综合指数的样本股包括了市场上的所有股票(沪深市场上PT股除外)，市盈率一般比较高，而成份指数的样本股是精挑细选的，通常平均股本较大、平均业绩较好，所以其市盈率比较低一些。而我们经常看到的国外股票时常的市盈率大多是成份指数的市盈率，如果将它们与我们综合指数的市盈率相比较，则犯了概念性错误。

★(2)市盈率应与基准利率挂钩。基准利率是人们投资收益率的参照系数，也反映了整个社会资金成本的高低。一般来说，如果其他因素不变，基准利率的倒数与股市平均市盈率存在正向关系。如果基本利率低，合理的市盈率可以高一点，如果基准利率很高，合理的市盈率就应该低一些。目前我国央行再贴现率为2.97%，一年期储蓄存款收益率为1.80%，美国联邦基金利率为1.75%，美联储再贴出率为1.25%，中美基准利率差别不大，但纵向看，中国目前的基准利率是很低的。另据权威部门研究显示，根据我国目前物价水平及国家未来积极财政政策和适度货币政策取向，中国存在再次调低利率的可能。

★(3) 市盈率应与股本挂钩。平均市盈率与总股本和流通股本都有关，总股本和流通股本越小，平均市盈率就会越高(思腾思特管理咨询中国公司，2001)，反之，就会越低，中西莫不如此。据统计，2001年10月16日中国沪深市场770只样本股(剔除了PT股、ST股、亏损股和2001年中期每股收益低于0.05元股票)算术平均市盈率为29.43倍，其中，总股本最小的100家上市公司算术平均市盈率为42.74倍，而总股本最大的100家上市公司算术平均市盈率只有19.82倍，前者是后者的2.16倍。在美国，小盘股的平均市盈率也高于大盘股平均市盈率的好几倍，NASDAQ市场市盈率高于纽约证券交易所市盈率，部分地与股本因素有关。
因此，看一个市场平均市盈率水平，还应考虑到这个市场的上市公司结构，如果是以小股本公司为主的市场，它的合理市盈率就应高一些。如果不考虑股票市场上市公司的股本构成，就不能解释为什么即使原有上市公司价格水平不变，只要上一个中石化，若再上中石油、中移动、中海油，就会把平均市盈率降下十几倍，就会把市盈率降到所谓的“合理区域”。事实上，2001年12月 31日上证A股指数市盈率降为37.59倍，如果中石化尚未上市，这一数字将戏剧性地升为43.31倍。

★(4)市盈率应与股本结构挂钩。市盈率跟股本结构也有关系。如果股份是全流通的，市盈率就会低一些，如果股份不是全流通的，那么流通股的市盈率就会高一些。原因在于，如果上市公司的总价值不变，股份分成流通股和非流通股，而资产的流动性会增加资产的价值(流动性溢价)，从一般意义上说，流通股的每股价格自然要高于非流通股的价格，非流通股的价格越低，流通股的价格就越高，其结果就必然是流通股的平均市盈率高于非流通股的平均市盈率。流通股在中股本中所占的比例越小，流通股与非流通股价格差异越大，流通股的平均市盈率就越高。
目前的中国市场，非流通股占到总股本的三分之二，在它们没有流通的情况下，流通股的市盈率较高，也是正常的。

★(5)市盈率应与成长性挂钩。同样是20倍市盈率，上市公司平均每年利润增长7%的市场就要远比上市公司平均每年利润增长3%的市场有投资价值。根据经典的股票内在价值评估模型，如式(1)所示。其中V为股票内在价值，D。为在未来无限时期支付的每股股利，k为到期收益率，g为股利每期固定的增长率。从式(1)可以看出，假定其他因素不变，成长性对股票的内在价值，从而对市场价格和平均市盈率影响巨大。
V= D。(l+g)
K – g (1)
举个简化的例子，假设上市公司净利润与经济同步增长，中国年均 经济增长率7%，，美国年均经济增长率为3%，那么中国股票的平均内在价值就是美国的2.42倍，中国股市的合理市盈率也是美国的2.42倍。从成长性这个角度看，NASDAQ指数的市盈率比较高，新兴市场国家股市的平均市盈率比较高，都是有道理的。

★(6)市盈率与一些制度性因素有关，居民投资方式的可选择性、投资理念、一国制度(文化、传统、风俗、习惯等)、外汇管制等制度性因素，都与平均市盈率水平有关。

★(7)中国股票市场的平均市盈率还应考虑发行价因素。1997年以前，参照当时中国的利率水平，管理层对股票初次发行定价控制得比较严，一般初次发行市盈率不得超过15倍，为了照顾边远地区，像这样的股票才发到20倍左右的市盈率。后来为了推进证券市场的市场化改革，对发行定价的控制渐渐放松了，闽东电力2000年发行时达到了88倍的市盈率，一般股票的平均发行市盈率也维持在四五十倍的水平。发行市盈率四五十倍都可以，二级市场平均市盈率四五十倍怎能说不正常?从理论上说，发行市盈率越高，筹集的资金越多，上市公司潜在的发展、盈利能力就越强，上市公司帐面资产的含金量也就越高，而这一点从静态的市盈率指标中是看不出来的。既然静态市盈率指标中没有充分反映近年来发行市盈率较高的影响，那么目前二级市场平均市盈率比以前年份稍高一些也是正常的。