ETF联接基金虽然将绝大部分基金资产投资于跟踪同一标的指数的目标ETF，与ETF的风险收益特征具有很强的相关性，但是两者在基金投资运作、购买交易方式等方面也存在差异。

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投资标的
ETF直接投资于标的指数的成份股;ETF联接基金采取间接投资的方式，通过将绝大部分基金资产投资于目标ETF以跟踪标的指数表现。

投资比例
ETF由于采用实物申购、赎回机制其标的资产投资比例最高可以达到100%。
ETF联接基金需要保留至少5%的现金等流动资产应对现金申购、赎回，其通过ETF间接持有的标的资产投资比例最高为95%。
因此，ETF联接基金通过投资ETF对标的指数的跟踪误差通常大于ETF，具体表现为指数上涨/下跌时，ETF联接基金上涨/下跌幅度小于ETF

根据投资比例的差异，相对应的是，ETF的业绩比较基准通常为标的指数收益率，而ETF联接基金的业绩比较基准一般为:
标的指数收益率*95%+银行活期存款利率*5%(税后)