投资对冲基金可以增加投资组合的多样性，投资者可以以此降低投资组合的总体风险敞口。对冲基金经理使用特定的交易策略和工具，为的就是降低市场风险，获取风险调整收益，这与投资者期望的风险水平是一致的。理想的对冲基金获得的收益与市场指数相对无关。虽然“对冲”是降低投资风险的一种手段，但是，和所有其他的投资一样，对冲基金无法完全避免风险。根据Hennessee Group发布的报告，在1993年至2000年之间，对冲基金的波动程度只有同期标准普尔500指数的2/3左右。

由于对冲基金是私募基金，几乎没有公开披露的要求，有人认为其不够透明。还有很多人认为，对冲基金管理公司和其他金融投资管理公司相比，受到的监管少，注册要求也低，而且对冲基金更容易受到由经理人导致的特殊风险，比如偏离投资目标、操作失误和欺诈。2010年，美国和欧盟新提出的监管规定要求对冲基金管理公司披露更多信息，提高透明度。另外，投资者，特别是机构投资者，也通过内部控制和外部监管，促使对冲基金进一步完善风险管理。随着机构投资者的影响力与日俱增，对冲基金也日益透明，公布的信息越来越多，包括估值方法、头寸和杠杆等。

对冲基金的风险和其他的投资有很多相同之处，包括流动性风险和管理风险。流动性指的是一种资产买卖或变现的容易程度；与私募股权基金相似，对冲基金也有封闭期，在此期间投资者不可赎回。管理风险指的是基金管理引起的风险。管理风险包括：偏离投资目标这样的对冲基金特有风险、估值风险、容量风险、集中风险和杠杆风险。估值风险指投资的资产净值可能计算错误。在某一策略中投入过多，这就会产生容量风险。如果基金对某一投资产品、板块、策略或者其他相关基金敞口过多，就会引起集中风险。这些风险可以通过对控制利益冲突、限制资金分配和设定策略敞口范围来管理。

有人认为，某些基金，比如对冲基金，为了在投资者和经理能够容忍的风险范围内最大化回报，会更偏好风险。如果经理自己也投资基金，就更有激励提高风险监管程度。

大多数国家规定，对冲基金的投资者必须是老练的合格投资者，应当对投资的风险有所了解，并愿意承担这些风险，因为可能的回报与风险相关。为了保护资金和投资者，基金经理可采取各种风险管理策略。《金融时报》（Financial Times）称，“大型对冲基金拥有资产管理行业最成熟、最精确的风险管理措施。”对冲基金管理公司可能持有大量短期头寸，也可能拥有一套特别全面的风险管理系统。基金可能会设置“风险官”来负责风险评估和管理，但不插手交易，也可能采取诸如正式投资组合风险模型之类的策略。可以采用各种度量技巧和模型来计算对冲基金活动的风险；根据基金规模和投资策略的不同，基金经理会使用不同的模型。传统的风险度量方法不一定考虑回报的常态性等因素。为了全面考虑各种风险，通过加入减值和“亏损时间”等模型，可以弥补采用风险价值（VaR）来衡量风险的缺陷。

除了评估投资的市场相关风险，投资者还可根据审慎经营原则来评估对冲基金的失误或欺诈可能给投资者带来损失的风险。应当考虑的事项包括，对冲基金管理公司对业务的组织和管理，投资策略的可持续性和基金发展成公司的能力。