除了金融衍生产品的一般性风险外，由于标的物自身的特点和合约设计过程中的特殊性，股指期货还具有一些特定的风险。

基差是某一特定地点某种商品的现货价格与同种商品的某一特定期货合约价格之间的价差。基差=现货价格-期货价格。

合约品种差异造成的风险，是指类似的合约品种，如日经225种股指期货和东京证券股指期货，在相同因素的影响下，价格变动不同。表现为两种情况：

1〉是价格变动的方向相反。

2〉是价格变动的幅度不同。类似合约品种的价格，在相同因素作用下变动幅度上的差异，也构成了合约品种差异的风险。

股指期货的标的物是市场上各种股票的价格总体水平，由于标的物设计的特殊性，是其特定风险无法完全锁定的原因。从套期保值的技术角度来看，商品期货、利率期货和外汇期货的套期保值者，都可以在一定期限内，通过建立现货与期货合约数量上的一致性、交易方向上的相反性来彻底锁定风险。而股指期货由于标的物的特殊性，使现货和期货合约数量上的一致仅具有理论上的意义，而不具有现实操作性。因为，股票指数设计中的综合性，以及设计中权重因素的考虑，使得在股票现货组合中，当股票品种和权数完全与指数一致时，才能真正做到完全锁定风险，而这在实际操作中的可行性几乎是零。因此，股指期货标的物的特殊性，使完全意义上的期货与现货间的套期保值成为不可能，因而风险将一直存在。

股指期货采用现金交割的方式完成清算。相对于其他结合实物交割进行清算的金融衍生产品而言，存在更大的交割制度风险。如在利率期货交易中，符合规格的债券现货，无论如何也可以满足一部分交割要求。股指期货则只能是百分之百的现金交割，而不可能以对应股票完成清算。