它们的主要区别如下：

1、主体资格的区别。与主板市场相比较，创业板市场上市公司除了要符合《公司法》和《证券法》的相关要求外，公司章程还必须要符合创业板上市规则的有关要求。

2、股本规模的区别。创业板市场上市公司一般处于初创阶段，资本金规模较小，所以对其股本规模要求比主板上市公司降低，下限初定在2000万元左右，以便为企业资本规模的扩大和业绩的增长留下空间；另一方面，由于创业板上市公司成长迅速，对融资的频率要求高，因此可能缩短其再次发行的时间间隔，如取消主板市场对增资发行所需求的一年间隔期，有助于保证股本与业绩的同步良性增长。
3、公司组织结构的区别。与主板上市公司组织结构比较，创业板市场上市公司的董事会必须包括2名以上独立董事，独立董事应当由股东大会选举产生，不得有董事会指定。独立董事应当具有5年以上的经营管理、法律或财务工作经验，并确保有足够的时间和精力履行公司董事的职责。  
目前世界上许多国家和地区纷纷设立或准备设立创业板市场，以建立一种有利于高新技术产业化，有利于中小企业及其他企业融资。