国泰君安与海通证券合并后，持有的海通证券股票有以下处理方式：

- 换股：换股比例为1：0.62，即海通证券A股股东持有的每1股海通证券A股股票可以换取0.62股国泰君安A股股票，海通证券H股股东持有的每1股海通证券H股股票可以换取0.62股国泰君安H股股票。中国证券登记结算有限责任公司将负责完成股票的转换与登记工作，原海通证券的股东无需进行任何操作，其持有的股票将自动转换为国泰君安的新发股票，并登记在册。
- 行使现金选择权：海通证券A股异议股东现金选择权行权价格为9.28元/股，符合条件的海通证券异议股东可以选择申报现金选择权，以该价格将持有的海通证券股票出售。申报时间为2月6日9：00-15：00，申报方式为网下申报，成功申报的异议股东，须在公司的统一协调安排下，于2月7日自行前往上交所签署股份转让协议，经上交所审核通过后委托公司至中国结算上海分公司办理股份过户手续。