市盈率在具体计算方面仍会出现一些偏差。如在计算市场整体市盈率方面，有的总市值简单地按照总股本×A股价格来计算，也有的按照(总股本－B股股数)×A股价格＋B股股数×B股价格进行计算，还有的按照(总股本－境外上市股数－B股股数)×A股价格＋B股股数×B股价格＋境外上市股数×境外股票价格计算。这三种方法计算出的总市值会有所不同。由于获得境外上市股票价格并不十分便利，我们在多数情况下按照简单的方法进行计算。
而在净利润的选择上，也有一些不同。有的以年报数据为准，有的以季报数据按比例换算成年化数据来计算，而有的则以预测的净利润来计算。
因此，如果简单地表述为市盈率或整体市场的平均市盈率，而不说明计算依据，就会出现一定的差异。