市盈率的局限性主要有：企业发生亏损时市盈率变为负数直接失效；容易被非经常性损益干扰，变卖资产、政府补贴带来一次性利润，会人为压低 PE，造成估值偏低的假象；周期股利润大起大落，高景气阶段低 PE 是风险，低谷阶段高 PE 反而是底部，容易产生判断误导；无法区分盈利质量，哪怕 PE 很低，也不代表现金流健康，利润可能只是账面数字；不同行业成长、风险属性不一样，不能跨行业直接对比；只反映利润，没有考虑负债水平、商誉、存货等资产负债端风险；面对高研发投入的成长企业，当期利润被压制，PE 会显得很高，但不代表股价一定高估。
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亏损企业直接失效：净利润为负，PE 变成负数，失去估值参考作用。
容易被一次性利润干扰：变卖资产、补贴、投资收益等非经常性损益抬高当期利润，PE 被压低，不能反映主业真实水平。
周期股的致命缺陷：景气顶峰利润暴增，PE 很低，反而是阶段高位；景气底部利润微薄，PE 很高，反而是低位，容易反向误判。
不同行业不能直接对比：高成长行业天然高 PE，传统成熟行业天然低 PE，跨行业比 PE 没有意义，只能同行业对比。
受会计政策影响大：折旧、减值、研发资本化等会计处理会改动净利润，进而改变 PE，并非企业真实价值发生变化。
不反映负债与资产结构：PE 只看利润，忽略高负债、商誉暴雷、资产质量问题；两家 PE 接近的公司，债务风险可以差异巨大。
不反映现金流质量：账面利润好看、PE 很低，但经营现金流很差，利润只是账面数字。
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