出现基金持有份额比本金少的主要原因有两个，一个是产品净值的问题，二个是基金申购费率：
1，产品净值高于1，基金的份额是根据他的净值来计算的，一般来说相对而言比较稳定的基金产品，份额净值都是上涨的，而当它大于1时，基金的份额一般都会少于本金，因为份额的计算公式是申购份额=[申购金额/（1+申购费率）]/T日基金份额净值。
2，手续费的原因，比如我们的基金交易时会收取申购费，赎回费，销售服务费，我们把收费标准的不同，把他分为a类和c类，所以当我们进行直接购买时，申购费会从申购金额中扣除，所以最后算下来会比本金要少一些。